Situace v oblasti lidských práv se sice zlepšuje, ale stále dochází k mnoha případům neadekvátního používání střelných zbraní policisty a příslušníky bezpečnostních složek proti civilistům. V březnu 2002 bylo zastřeleno 7 mužů (údajných teroristů) při policejní razii. Podle výzkumů Amnesty International šlo o ekonomické uprchlíky z Indie a Pákistánu. V říjnu stejného roku zaútočili policisté na automobil se třemi muži, podle pozorovatelů OBSE bezdůvodně. Pokračuje také používání mučení zatčených osob. Byla zaznamenáno množství vražd a únosů ozbrojenci, kteří v některých případech spolupracovali se státními složkami. Například v lednu 2002 byl těžce zraněn komunální politik zastávající tolerantní postoj k etnickým Albáncům, kterého maskovaní muži s automatickými zbraněmi nazývali „zrádcem Makedonců“. Lidskoprávní aktivisté a nezávislí novináři čelí vyhrožování i násilným útokům.